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機(jī)器學(xué)習(xí)的新量子化學(xué)工具可加速量子化學(xué)計(jì)算

姚小熊27 ? 來源:賢集網(wǎng) ? 作者:賢集網(wǎng) ? 2020-10-16 15:49 ? 次閱讀
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量子化學(xué)在量子尺度上研究化學(xué)性質(zhì)和過程,為現(xiàn)代化學(xué)的研究和發(fā)現(xiàn)開辟了許多途徑。化學(xué)家不需要使用燒杯或試管,就可以研究某一特定原子或分子的電子結(jié)構(gòu),它們是如何排列在軌道上,以及這些電子如何與其他化合物或原子的電子相互作用,來預(yù)測(cè)給定原子或分子的性質(zhì),以及它將如何發(fā)生化學(xué)反應(yīng)。

然而,盡管量子化學(xué)已經(jīng)顯示出強(qiáng)大的威力,但它也有一個(gè)很大的缺點(diǎn):精確的計(jì)算是資源密集型和耗時(shí)型的,常規(guī)化學(xué)研究涉及到數(shù)天甚至更長(zhǎng)時(shí)間的計(jì)算。

現(xiàn)在,多虧了一種使用機(jī)器學(xué)習(xí)的新量子化學(xué)工具,量子化學(xué)計(jì)算的速度可以比以前快1000倍,從而使精確的量子化學(xué)研究比以往任何時(shí)候都要快。

這個(gè)名為OrbNet的工具是由加州理工學(xué)院的化學(xué)教授tommiller和Bren計(jì)算和數(shù)學(xué)科學(xué)教授animaanandkumar合作開發(fā)的。

米勒說:“在量子化學(xué)中,計(jì)算的準(zhǔn)確性和所需時(shí)間之間存在著一種相互影響的相互作用。”你可以開始計(jì)算,然后說,‘好吧,星期二見?!F(xiàn)在,計(jì)算可以交互進(jìn)行了。”

OrbNet使用了一個(gè)圖形神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),一種機(jī)器學(xué)習(xí)系統(tǒng),它將信息表示為“節(jié)點(diǎn)”,其中包含數(shù)據(jù),而“邊”表示這些數(shù)據(jù)塊之間的關(guān)聯(lián)方式。

米勒說,OrbNet之所以能像現(xiàn)在這樣工作,是因?yàn)樵谠雍头肿佑成涞綀D形神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的方式上有了創(chuàng)新,這種網(wǎng)絡(luò)是以薛定諤方程為基礎(chǔ)的,薛定諤方程是量子力學(xué)的核心數(shù)學(xué)。

他說:“以前的圖結(jié)構(gòu)把原子組織成節(jié)點(diǎn),把原子之間的鍵組織成邊,但量子化學(xué)并不是這樣想的?!币虼耍覀兘⒘艘粋€(gè)圖,其中節(jié)點(diǎn)是電子軌道,邊是軌道之間的相互作用。這與薛定諤方程有著更為自然的聯(lián)系?!?/p>

像所有的機(jī)器學(xué)習(xí)系統(tǒng)一樣,OrbNet需要經(jīng)過培訓(xùn)才能執(zhí)行指定的任務(wù),這與獲得新工作的人需要如何為此接受培訓(xùn)類似。OrbNet學(xué)會(huì)了在精確參考量子力學(xué)計(jì)算的基礎(chǔ)上預(yù)測(cè)分子性質(zhì)。Anandkumar的研究重點(diǎn)是機(jī)器學(xué)習(xí),他幫助設(shè)計(jì)和優(yōu)化了圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的實(shí)現(xiàn)。

Orbnet是一個(gè)很好的例子,它使用特定領(lǐng)域的特性:在本例中,是分子軌道。這使得機(jī)器學(xué)習(xí)模型能夠精確地計(jì)算出比訓(xùn)練數(shù)據(jù)中的分子大得多,高達(dá)10倍的分子對(duì)于一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的深度學(xué)習(xí)模型,這種外推是不可能的,因?yàn)樗粚W(xué)習(xí)在訓(xùn)練數(shù)據(jù)上插值。利用分子軌道的領(lǐng)域知識(shí)對(duì)我們實(shí)現(xiàn)向大分子的轉(zhuǎn)移至關(guān)重要。

目前,OrbNet已經(jīng)對(duì)大約100000個(gè)分子進(jìn)行了訓(xùn)練,Miller說這使得它能夠?yàn)檠芯咳藛T執(zhí)行許多有用的計(jì)算,但是正在進(jìn)行的努力旨在將其擴(kuò)展到更大的訓(xùn)練數(shù)據(jù)集。

“分子性質(zhì)的預(yù)測(cè)有許多實(shí)際的好處。例如,OrbNet可以用來預(yù)測(cè)分子的結(jié)構(gòu),它們的反應(yīng)方式,它們是否溶于水,或者它們?nèi)绾闻c蛋白質(zhì)結(jié)合,”他說。

米勒說,未來在OrbNet上的工作將集中在通過額外的培訓(xùn)來擴(kuò)大其任務(wù)范圍。

他說:“我們已經(jīng)證明了這種方法在有機(jī)化學(xué)的一個(gè)小角落起作用,但沒有什么能阻止我們將這種方法擴(kuò)展到其他應(yīng)用領(lǐng)域?!?/p>

責(zé)任編輯:YYX

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