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機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)在蛋白質(zhì)動力學(xué)中的運用

mK5P_AItists ? 來源:未知 ? 作者:工程師郭婷 ? 2018-07-16 14:45 ? 次閱讀
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機(jī)器學(xué)習(xí)算法擅長發(fā)現(xiàn)大數(shù)據(jù)內(nèi)的復(fù)雜模式,因此研究人員通常利用它們作出預(yù)測。如今,科學(xué)家正在推動這種新興技術(shù)超越發(fā)現(xiàn)相關(guān)性,幫助揭開隱藏的因果關(guān)系并且驅(qū)動科學(xué)發(fā)現(xiàn)。

在美國南佛羅里達(dá)大學(xué)(USF),研究人員將機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)融合進(jìn)其研究蛋白質(zhì)的工作。正如他們在美國物理聯(lián)合會(AIP)出版集團(tuán)所屬《化學(xué)物理學(xué)報》上所報告的,其面臨的主要挑戰(zhàn)之一是缺少在從分子動力學(xué)模擬獲得的數(shù)據(jù)中辨別因果關(guān)系的方法。

“蛋白質(zhì)可被看作執(zhí)行一系列任務(wù)的納米尺度機(jī)器。不過,蛋白質(zhì)何時以及在哪里執(zhí)行特定任務(wù)是由細(xì)胞通過各種刺激控制的”USF生物物理學(xué)系副教授Sameer Varma介紹說,這些刺激同蛋白質(zhì)相互作用,不斷地將其“打開”或者“關(guān)閉”,甚至能改變其速度和力量。

在大多數(shù)蛋白質(zhì)中,生物刺激同距離開展相應(yīng)任務(wù)的區(qū)域相對較遠(yuǎn)的蛋白質(zhì)位點發(fā)生相同作用,而這需要信號通路?!斑@種通過遠(yuǎn)程控制開啟蛋白質(zhì)的方式被稱為變構(gòu)通路。但具體細(xì)節(jié)仍不明確。”Varma表示。

他和同事認(rèn)為,機(jī)器學(xué)習(xí)方法能發(fā)揮重要作用?!伴_發(fā)并利用機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)將使我們得以發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)動力學(xué)數(shù)據(jù)中的因果關(guān)系,并且最終解決蛋白質(zhì)變構(gòu)效應(yīng)中一些非?;A(chǔ)的問題?!盫arma介紹說,他們的一個關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)是在蛋白質(zhì)受刺激部位被啟動的信號似乎在向遠(yuǎn)離該位點的地方移動時逐漸變?nèi)?。這令人震驚,因為科學(xué)家此前并未在蛋白質(zhì)位點之間的熱運動耦合中觀察到這種距離上的依賴性。

該團(tuán)隊的工作展示了一種機(jī)器學(xué)習(xí)方法被用于辨別數(shù)據(jù)內(nèi)因果關(guān)系的方式。此外,Varma表示,“這些數(shù)據(jù)還讓我們得以填補(bǔ)蛋白質(zhì)變構(gòu)效應(yīng)中的關(guān)鍵空白。最終,當(dāng)我們的方法被應(yīng)用于很多具有藥物意義的蛋白質(zhì)時,我們期望能發(fā)現(xiàn)更多機(jī)械學(xué)細(xì)節(jié),以揭示恢復(fù)疾病狀態(tài)下蛋白質(zhì)活動的新干預(yù)策略”。

未來智能實驗室是人工智能學(xué)家與科學(xué)院相關(guān)機(jī)構(gòu)聯(lián)合成立的人工智能,互聯(lián)網(wǎng)和腦科學(xué)交叉研究機(jī)構(gòu)。

未來智能實驗室的主要工作包括:建立AI智能系統(tǒng)智商評測體系,開展世界人工智能智商評測;開展互聯(lián)網(wǎng)(城市)云腦研究計劃,構(gòu)建互聯(lián)網(wǎng)(城市)云腦技術(shù)和企業(yè)圖譜,為提升企業(yè),行業(yè)與城市的智能水平服務(wù)。

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原文標(biāo)題:機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)或揭示蛋白質(zhì)動力學(xué)數(shù)據(jù)中因果關(guān)系

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