冷凍電鏡技術(shù)是解析生物大分子三維結(jié)構(gòu)的關(guān)鍵手段,曾獲2017年諾貝爾化學(xué)獎,并在新冠病毒結(jié)構(gòu)解析中發(fā)揮重要作用。然而,該技術(shù)的數(shù)據(jù)處理面臨圖像信噪比低、計算規(guī)模巨大、重構(gòu)耗時長等挑戰(zhàn),尤其在大規(guī)模原位結(jié)構(gòu)解析中缺乏高效算法與軟件支持。
經(jīng)過長期技術(shù)攻關(guān),北京理工大學(xué)基于“DeepAI深算智能引擎+國產(chǎn)GPU加速卡”,成功研發(fā)具有自主知識產(chǎn)權(quán)的大規(guī)模冷凍電鏡圖像原位重構(gòu)軟件——DisSPA,通過中科曙光提供的國產(chǎn)算力實現(xiàn)對冷凍電鏡圖像的高效、高精度原位結(jié)構(gòu)解析,標志著我國在生物計算與結(jié)構(gòu)生物學(xué)交叉領(lǐng)域取得重要突破。
項目團隊創(chuàng)新性提出并實現(xiàn)了基于國產(chǎn)GPU加速卡的并行化緩存方案與多卡GPU-FFT技術(shù),顯著降低預(yù)處理時間與內(nèi)存負載,解決了傳統(tǒng)方法中模板匹配效率低、存儲需求大等瓶頸。
在實際測試中,DisSPA在國產(chǎn)GPU單卡上相比CPU單核實現(xiàn)高達961.9倍的性能提升,相比32核CPU也有30.9倍性能提升。在處理400張大規(guī)模圖像數(shù)據(jù)時,僅需22分鐘即可完成重構(gòu),遠超傳統(tǒng)處理效率。
目前,DisSPA已完成在多家單位的應(yīng)用示范,支持紅藻捕光系統(tǒng)、酵母核糖體等典型生物結(jié)構(gòu)的原位解析,驗證了其在高精度結(jié)構(gòu)解析中的可靠性與實用性,具備大規(guī)模對外服務(wù)能力。
未來,北京理工大學(xué)將與中科曙光持續(xù)推進DisSPA的推廣應(yīng)用,開展系列培訓(xùn)與學(xué)術(shù)交流,助力更多生物學(xué)家高效獲取高分辨率原位結(jié)構(gòu),推動我國在結(jié)構(gòu)生物學(xué)與人工智能交叉領(lǐng)域的前沿發(fā)展。
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原文標題:北京理工大學(xué) × 曙光AI,生物結(jié)構(gòu)解析快近1000倍!
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