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納米級粒度分子動力學(xué)NAMD是基于Charm++并行編程模型的開源免費分子動力學(xué)模擬軟件，能夠在大規(guī)模并行計算機(jī)上快速模擬百萬原子級別的大分子體系。太湖之光是中國自主研發(fā)的超級計算機(jī)，峰值性能為125.4 Pflop/s，共有1 000多萬個核心，整機(jī)I．inpack效率不低于70%。NAMD在空間上對原子進(jìn)行劃分，在計算上對力進(jìn)行劃分，充分曝露出單步模擬的并行度，并通過CHARM++對負(fù)載平衡進(jìn)行調(diào)控。針對NAMD進(jìn)行模擬計算時的特點，移植并優(yōu)化了NAMD的核心計算代碼，讓其能夠更好地運行在超級計算機(jī)神威太湖之光上，優(yōu)化后性能提高了近20倍，單個核組的性能較IntelXeonE52650 v2提高3倍。擴(kuò)展性方面目前至多可達(dá)到325萬核的并行度，突破百萬核大關(guān)。
軟件優(yōu)化
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