據(jù)麥姆斯咨詢介紹,加拿大阿爾伯塔大學(xué)(University of Alberta)生物學(xué)家發(fā)明了一種新工具,可對(duì)環(huán)狀DNA進(jìn)行測(cè)序,這將為科學(xué)家提供更豐富、更準(zhǔn)確的數(shù)據(jù),有望促進(jìn)針對(duì)病毒、農(nóng)業(yè)甚至癌癥的研究。
這一工具名為“CIDER-Seq”,它使用了被稱為“PacBio”的DNA測(cè)序技術(shù),研究人員目前已將其發(fā)表在網(wǎng)絡(luò)上,供其他科學(xué)家分析DNA序列。
研究主要作者、博士后研究員Devang Mehta說:“借助CIDER-Seq,我們可以了解神秘的環(huán)狀DNA在人和植物細(xì)胞中的功能?!?/p>
研究人員解釋稱,環(huán)狀DNA在細(xì)菌和病毒的基因組中很常見,最近,科學(xué)家又在人和植物細(xì)胞的核內(nèi)發(fā)現(xiàn)了環(huán)狀DNA,并將其稱為染色體外環(huán)狀DNA(eccDNA)。這種鮮為人知的環(huán)狀DNA也常出現(xiàn)在癌細(xì)胞中,甚至可能與其快速繁殖的能力有關(guān)。
研究人員此前已開始著手調(diào)查eccDNA在癌癥中的作用,但由于缺乏有效的研究和測(cè)序方法,此類研究進(jìn)展緩慢。
Mehta表示:“鑒于此,我們?cè)O(shè)計(jì)了一種新的分子生物學(xué)方法和新的生物信息學(xué)算法,以最終獲得eccDNA的完整序列。我們的方法能對(duì)這些分子進(jìn)行完整測(cè)序,并為我們和其他研究人員提供一種新工具,可以更好地了解它們?cè)诩?xì)胞中的實(shí)際作用。”
Mehta指出,新工具可能對(duì)農(nóng)業(yè)科學(xué)家特別有用,因?yàn)樵S多農(nóng)作物感染的病毒都擁有環(huán)狀DNA。他舉例說:“在肯尼亞的一次田間試驗(yàn)中,我們使用CIDER-Seq的早期版本,幫助研究了經(jīng)過基因工程改造的農(nóng)作物在對(duì)抗環(huán)狀DNA病毒方面的有效性?!?/p>
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DNA
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原文標(biāo)題:環(huán)狀DNA測(cè)序工具面世,有望促進(jìn)農(nóng)業(yè)和癌癥等領(lǐng)域的研究
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